وتضم المدينة عدداً كبيراً من الواحات، أهمها: واحة العين، التي تقع في وسطها، وهي أكبر واحاتها، إضافة إلى واحات الهيلي والقطارة والجيمي. وتشكل واحات النخيل الموزعة في مدينة العين أحد أجمل ملامح هذه المدينة، التي عرفت ب«مدينة الواحات» منذ القدم.
ويقول عمر الكعبي، باحث المباني التاريخية في هيئة أبوظبي للسياحة والثقافة، عن نشأة الواحات في العين: «يعود تاريخ الاستيطان البشري في المدينة إلى العصور الحجرية، بسبب مواردها المائية العذبة، التي جعلت منها مركزاً للحضارة البشرية عبر القرون». واكتشفت أقدم أفلاج العين في العصر الحديدي، أي قبل 3000سنة، ونشأت واحات العين على مياه الأفلاج، التي كانت تختلف في مصادر حصولها على المياه، فكان فلج العيني يستمد مياهه من العيون، وفلج الغيلي من الغيل أو الوادي، والداودي من باطن الأرض. وتضم العين 6 واحات، تعد واحة العين أكبرها، وهي تقع إلى الجنوب من وسط المدينة مباشرة، وأصغر هذه الواحات هي المويجعي.
وعن إدراج واحات العين وأفلاجها ضمن قائمة التراث العالمي ل «اليونيسكو»، يضيف الكعبي: «أدرجت مدينة العين عام 2011، كأول موقع إماراتي على قائمة التراث العالمي، وهو إنجاز كبير ليس فقط على مستوى الإمارات، بل المنطقة العربية كلها. وتتميز المناطق التاريخية في مدينة العين عن غيرها من المواقع المدرجة ضمن هذه القائمة بأنها جمعت بين الآثار التاريخية والتراث الحي المتمثل في واحاتها وأفلاجها، ومنها واحة الهيلي، وهي من مواقع العين المسجلة على لائحة التراث العالمي، وتقع شمالي مدينة العين. ونشأت واحة الهيلي كواحات العين الأخرى على مياه الأفلاج، إذ يغذيها فلج الهيلي الذي يجلب المياه الجوفية من شمال المدينة، وتتكون واحة الهيلي من مبانٍ تاريخية عدة، تتنوع ما بين القلاع والأبراج والبيوت والمساجد الطينية. وتبنى الأبراج في العادة على أطراف الواحة ومسار الفلج، وذلك لغرض الدفاع عن القرى ومصادر المياه من أي اعتداء خارجي، ويحد الواحة من الغرب «برج بن رايح»، الذي بُنيَّ في القرن التاسع عشر، وأعادت دائرة الآثار والسياحة بناءه في ثمانينات القرن الماضي، ويحدها من الشمال أبراج «سيبة هيلي»، وبني البرج «المربع الشكل» بأمر من المغفور له بإذن الله الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، رحمه الله، في أربعينات القرن الماضي، والبرج الآخر المعاد بناؤه في الثمانينات يعود إلى القرن التاسع عشر، ويقع بجانب خط الفلج الذي ينبع من الشمال على بعد 10 كلم تقريباً، ويوجد أيضاً بقايا برج آخر على مسار الفلج في شمال الواحة، وفي المنطقة نفسها يوجد مسجد وقلعة بن رحمة، ويعتقد أنها بنيت في القرن التاسع عشر. ويتوسط الواحة»بيت بن هادي»، الذي جرت به بعض التنقيبات الأثرية المصاحبة لعمليات الترميم، وعثر على بعض اللقى الأثرية التي تعود إلى نهاية القرن السابع عشر، وبداية القرن الثامن عشر.
